Los laboratorios fueron diseñados y equipados por la dirección de infraestructura de la Universidad, nuevos equipos arribarán a lo largo del año.

El 16 de enero de 2018, la Universidad Yachay Tech inició un nuevo período académico con el acceso a nuevos laboratorios de docencia, entregados por Yachay EP. Los bloques de laboratorios E2 y E3 tienen las medidas de seguridad necesarias para su uso y cuentan con mejoras significativas de infraestructura, por ejemplo, éstos cubren necesidades de investigación de los estudiantes de niveles superiores, a diferencia del bloque de laboratorios E1, que fueron diseñados para impartir cátedra exclusivamente

El edificio de laboratorios E2 y E3 cuenta con dos laboratorios para las Escuelas de Matemáticas y Tecnologías de la Información; Biología e Ingeniería y Química e ingeniería y un laboratorio para las Escuelas de  Geología e Ingeniería y Física y Nanotecnología. Además cuenta con sistemas de almacenamiento y ventilación adecuados para el uso de reactivos; sistema eléctricos que permiten conservar la integridad de los equipos y con infraestructura de apoyo para los laboratorios. El diseño de todo el edificio fue realizado por la Dirección de Infraestructura de la Universidad.

Estos laboratorios empezarán a ser usados por los estudiantes este semestre. La investigación es fundamental para el proceso de aprendizaje en Yachay Tech. Durante el año 2017, la Universidad empujó a más de 150 estudiantes a colaborar en investigaciones científicas de docentes y dirigir sus propios proyectos de investigación. En el programa de ayudantías de cátedra participaron más de 50 estudiantes y en proyectos específicos de investigación, a través de subvenciones internas, participaron alrededor de 110 estudiantes en 31 proyectos.

Los laboratorios también contarán con espacios para equipos de investigación de mayor nivel, utilizados por los docentes de la universidad. Los equipos, de biología, geología y física tienen el propósito de facilitar los procesos de investigación y la producción científica de la universidad.

En el año 2017, la Universidad Yachay Tech sobrepasó las 200 publicaciones científicas en Scopus. En ese año la Universidad realizó 87 de esas publicaciones. Con 88 docentes de Ph.D., el índice de publicación  por docente es de casi una publicación científica al año, un índice muy bueno en el contexto ecuatoriano. Estas publicaciones se lograron a través de la colaboración científica con más de 140 instituciones nacionales y extranjeras.