- Biodiversidad y estructura de comunidades
- Biogeografía y filogenética
- Biología de la conservación
- Identificación de especies centinelas
- Ecología evolutiva y funcional
- Servicios ecosistémicos (ver también Escuela de Agrociencias)
- Agroecología y cultivos nativos (ver también Escuela de Agrociencias)
Con el 20% del territorio megadiverso ecuatoriano dentro del Sistema Nacional de Áreas Protegidas (SNAP), la conservación de la biodiversidad y los procesos ecológicos que dependen de ella es una prioridad para el Ecuador. La Escuela contribuirá a la descripción de esta vasta biodiversidad y desarrollará estudios ecológicos y biogeográficos que ayuden a proteger especies nativas, con un énfasis en especies endémicas y amenazadas, y especies nativas de interés social o económico, incluyendo aquellas que han sido domesticadas. La identificación de especies centinelas o biosensoras nativas de cada región del país permitirá establecer variaciones en hábitats ecológicos, las cuales podrán ser correlacionadas con impactos naturales y/o acciones antropogénicas para 23 la toma de medidas de conservación. La Escuela trabajará en programas de conservación ex situ, in situ o quías in situ, incluyendo estrategias de reforestación y restauración ecológica. El Jardín Botánico Yachay, que será operado por personal de infraestructura e investigación cualificado, colaborará activamente en dichos proyectos de conservación. La ecología evolutiva y funcional será el vínculo entre la genética y su aplicación en la conservación de especies y los servicios eco sistémicos que éstas proveen. Estos servicios no solo hacen posible nuestra vida y existencia como especie y civilización, sino que sostienen también muchas actividades productivas, tanto en zonas agrícolas como en áreas urbanas.